English
Τμήμα Ιατρικής
Πανεπιστημίου Πατρών
>Πανεπιστημίου Πατρών
HQA
Προσωπικό - Ρούκος Β.
  1. Αρχική
  3. Προσωπικό
  5. ​Επίκουροι Καθηγητές

Ρούκος Βασίλειος , ​Επίκουρος Καθηγητής

Ρούκος Βασίλειος

Τομέας: Βασικών Ιατρικών Επιστημών Ι

Κλινική/Εργαστήριο: Εργαστήριο Γενικής Βιολογίας

Γνωστικό Αντικείμενο: Βιολογία

Ερευνητικοί Τομείς Ενδιαφέροντος: Διατήρηση Γονιδιωματικής Σταθερότητας, Οργάνωση Ανθρώπινου Γονιδιώματος, Γονιδιωματική Επεξεργασία

Ρίο, Πάτρα, 26504, Ελλάδα Κτίριο Προκλινικών Εργαστηρίων 3ος όροφος

2610997616 roukos@upatras.gr

Ώρες υποδοχής Φοιτητών

Δευτέρα, Τρίτη 10.00-13.00

Περίληψη Βιογραφικού Σημειώματος

Ο Δρ. Βασίλειος Ρούκος είναι Επίκουρος Καθηγητής Βιολογίας του Τμήματος Ιατρικής του Πανεπιστημίου Πατρών. Είναι απόφοιτος του τμήματος Βιολογίας του Πανεπιστημίου Πατρών, κατέχει μεταπτυχιακό δίπλωμα και διδακτορικό τίτλο στη Μοριακή Βιολογία και Κυτταρογενετική από το Τμήμα Ιατρικής του Πανεπιστημίου Πατρών. Από το 2008 μέχρι το 2015 έχει υπηρετήσει ως Μεταδιδακτορικός Ερευνητής στο Εθνικό Ινσττούτο Καρκίνου (National Cancer Institute, NCI) των Εθνικών Ινστιτούτων Υγείας (National Institutes of Health, NIH) των Ηνωμένων Πολιτειών και από το 2015 μέχρι το 2022 έχει διατελέσει επικεφαλής πολυμελούς ερευνητικής ομάδας στο Ινστιτούτο Μοριακής Βιολογίας (Institute of Molecular Biology), στο Μάινζ της Γερμανίας. Το εργαστήριό του έχει συμμετάσχει σε μεγάλες ερευνητικές πρωτοβουλίες υψηλών χρηματοδοτήσεων προσελκύωντας υψηλή εξωτερική χρηματοδότηση. Έχει πάνω από 35 δημοσιεύσεις σε περιοδικά υψηλής απήχησης όπως τα Nature, Science, Nature Biotechnology, Nature Cell Biology, Mol Cell, Nature Rev Mol Cell Βiol, Nature Prot, Nature Com, Science Adv. κ.ά.  και έχει καταθέσει αιτήσεις για ευρωπαϊκά και διεθνή διπλώματα ευρεσιτεχνίας. Λειτουργεί ως εξωτερικός κριτής για πολλά έγκριτα περιοδικά και φορείς επιχορήγησης, έχει συνδιοργανώσει διεθνή συνέδρια (πχ. ΕΜΒΟ) και έχει προσκληθεί να επισημάνει δημοσιευμένες μελέτες σε ένα ευρύτερο επιστημονικό κοινό για περιοδικά, όπως το Nature, το Nature Rev Mol Cell Biol και το EMBO J. H έρευνά του επικεντρώνεται στη μελέτη των κυτταρικών μηχανισμών που διατηρούν τη γονιδιωματική σταθερότητα, την οργάνωση του ανθρώπινου γονιδιώματος και τη γονιδιωματική επεξεργασία (CRISPR/Cas9). Το εργαστήριό του χρησιμοποιεί μεταξύ άλλων μεθοδολογίες απεικόνισης και αλληλούχησης νέας γενιάς, υψηλής απόδοσης.

Προπτυχιακά Μαθήματα

Μεταπτυχιακά Μαθήματα

Διάφορες διαλέξεις στο πλαίσιο του Μεταπτυχιακού Προγράμματος Ειδίκευσης στις Βασικές Ιατρικές Επιστήμες  και στα δύο εξάμηνα, Ιατρική Σχολή, ΠΠ: π.χ. Μεθοδολογία της έρευνας, Συνοδές δεξιότητες έρευνας, Ειδικά θέματα Μοριακής και Κυτταρικής Βιολογίας, Ιατρική Μοριακή Γενετική

Διάφορες διαλέξεις στο πλαίσιο του Μεταπτυχιακού προγράμματος «Εξατομικευμένη Ιατρική» Ιατρική Σχολή, ΠΠ, π.χ. Ρύθμιση Γονιδιακής Έκφρασης, Αντιγραφή DNA και επιδιόρθωση κ.ά.

Διάφορες διαλέξεις στο πλαίσιο του Μεταπτυχιακού προγράμματος «Πληροφορική για τις επιστήμες της ζωής» Ιατρική Σχολή, ΠΠ,  πχ. Γενετική Καρκίνου, Γονίδια και Γονιδιώματα κ.ά.

Διάφορες διαλέξεις στο πλαίσιο του Μεταπτυχιακού προγράμματος «Κυτταρικές και γονιδιακές θεραπείες» πχ. «Γονιδιακή Επεξεργασία» κ.ά

Επιλεγμένες Δημοσιεύσεις

  1. Gabriel M. C. Longo*, Sergi Sayols*, Maria E. Stefanova*, Ting Xie*, Waheba Elsayed*, Anastasia Panagi, Amalia I Stavridou, Giuseppe Petrosino, Elizabeth Ing-Simmons, Uirá Souto Melo, Henrike J. Gothe, Juan M. Vaquerizas, Andriana G. Kotini, Argyris Papantonis, Stefan Mundlos, Vassilis Roukos. Type II topoisomerases shape multi-scale 3D chromatin folding in regions of positive supercoils. Mol Cell, 2024 in press
  2. Gabriel M. C. Longo*, Sergi Sayols*, Andriana G. Kotini, Sabine Heinen, Martin M. Mockel, Petra Beli, Vassilis Roukos. Linking CRISPR/Cas9 double-strand break profiles to gene editing precision with BreakTag. Nat Biotech.  2024, DOI: https://doi.org/10.1038/s41587-024-02238-8
  3. Ning Zhang, Luuk Harbers, Michele Simonetti, Constantin Diekmann, Quentin Verron, Enrico Berrino, Sara E. Bellomo, Gabriel M.C. Longo , Michael Ratz, Niklas Schultz, Firas Tarish, Peng Su, Bo Han, Wanzhong Wang, Sofia Onorato, Dora Grassini, Roberto Ballarino, Silvia Giordano, Qifeng Yang , Anna Sapino, Jonas Frisén, Kanar Alkass, Henrik Druid, Vassilis Roukos, Thomas Helleday, Caterina Marchiò, Magda Bienko, Nicola Crosetto (2024) High clonal diversity and spatial genetic admixture in early prostate cancer and surrounding normal tissue Nat Commun.,  2024, 15, 3475. DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-024-47664-z
  4. Mosler T, Baymaz HI, Gräf JF, Mikicic I, Blattner G, Bartlett E, Ostermaier M, Piccinno R, Yang J, Voigt A, Gatti M, Pellegrino S, Altmeyer M, Luck K, Ahel I, Roukos V, Beli P.  PARP1 proximity proteomics reveals interaction partners at stressed replication forks. Nucleic Acids Res. 2022 Nov 11;50(20):11600-11618. doi: 10.1093/nar/gkac948
  5. Petropoulos M, Champeris Tsaniras S, Nikou S, Maxouri S, Dionellis VS, Kalogeropoulou A, Karamichali A, Ioannidis K, Danalatos IR, Obst M, Naumann R, Delinasios GJ, Gorgoulis VG, Roukos V, Anastassiadis K, Halazonetis TD, Bravou V, Lygerou Z, Taraviras S. J Pathol. 2023 Jan;259(1):10-20. doi: 10.1002/path.6017. Epub 2022 Nov 9.
  6. Tsaridou S, Velimezi G, Willenbrock F, Chatzifrangkeskou M, Elsayed W, Panagopoulos A, Karamitros D, Gorgoulis V, Lygerou Z, Roukos V, O’Neill E# and Pefani DE#. 53BP1-mediated recruitment of RASSF1A to ribosomal DNA breaks promotes local ATM signaling. EMBO Rep, 2022, 23:e544833
  7. Abu-Libdeh B, Jhujh SS, Dhar S, Sommers JA, Datta A, Longo GM, Grange LJ, Reynolds JJ, Cooke SL, McNee GS, Hollingworth R, Woodward BL, Ganesh AN, Smerdon SJ, Nicolae CM, Durlacher-Betzer K, Molho-Pessach V, Abu-Libdeh A, Meiner V, Moldovan GL, Roukos V, Harel T, Brosh RM Jr, Stewart GS. RECON syndrome is a genome instability disorder caused by mutations in the DNA helicase RECQL1. J Clin Invest. 2022, Mar 1;132(5):e147301.
  8. R-loop proximity proteomics identifies a role of DDX41 in transcription-associated genomic instability. Mosler T, Conte F, Longo GMC, Mikicic I, Kreim N, Möckel MM, Petrosino G, Flach J, Barau J, Luke B, Roukos V, Beli P. Nat Commun. 2021, Dec 16;12(1):7314
  9. Papantonis A and Roukos V Cohesin puts a break on distal homology hunt. Nat Cell Biol. 2021 Nov;23(11):1112-1114.
  10. Longo GMC and Roukos V Territories or spaghetti? Chromosome organization exposed. Nat Rev Mol Cell Biol. 2021 Apr 14.
  11. Zhang S, Übelmesser N, Josipovic N, Forte G , Slotman JA, Chiang M , Gothe HJ, Gusmao EG, Becker C, Altmüller A, Houtsmuller AB, Roukos V, Wendt KS, Marenduzzo D, Papantonis A. (2021) RNA polymerase II is required for spatial chromatin reorganization following exit from mitosis. Science Advances, Oct 22;7(43):eabg8205.
  12. Bouwman BAM, Agostini F, Garnerone S, Petrosino G, Gothe HJ, Sayols S, Moor AE, Itzkovitz S, Bienko M, Roukos V and Crosetto N (2020) Genome-wide detection of DNA double-strand breaks by in-suspension BLISS. Nat Protoc, 15:3894–3941
  13. Gothe HJ, Bouwman BAM*, Gusmao EG*, Piccinno R, Petrosino G, Sayols S, Drechsel O, Minneker V, Josipovic N, Mizi A, Nielsen CF, Wagner EM, Takeda S, Sasanuma H, Hudson DF, Kindler T, Baranello L, Papantonis A*, Crosetto N* and Roukos V. Spatial chromosome folding and active transcription drive DNA fragility and formation of oncogenic MLL translocations. Mol Cell, 2019 75:267-283.e12
  14. Lucic B*, Chen HC*, Kuzman M*, Zorita *E, Wegner J, Minneker V, Wang W, Fronza R, Laufs S, Schmidt M, Stadhouders R, Roukos V, Vlahovicek K#, Filion GJ# and Lusic M# Spatially clustered loci with multiple enhancers are frequent targets of HIV-1 integration. Nat Commun, 2019, 10:4059
  15. Piccinno R*, Minneker V* and Roukos V 53BP1—DNA repair enters a new liquid phase. EMBO J, 2019 38:e102871
  16. Gothe HJ, Minneker V and Roukos V Dynamics of double-strand breaks: Implications for the formation of chromosome translocations. Pages 27–38 in: Chromosome Translocation; Advances in Experimental Medicine and Biology, 2018, vol. 1044 (ed. Zhang Y), Springer, Singapore
  17. Roukos V (2018) Actin proteins assemble to protect the genome. Nature, 559:35–37
  18. Dörsam B, Seiwert N, Foersch S, Stroh S, Nagel G, Begaliew D, Diehl E, Kraus A, McKeague M, Minneker V, Roukos V, Reißig S, Waisman A, Moehler M, Stier A, Mangerich A, Dantzer F, Kaina B and Fahrer J (2018) PARP-1 protects against colorectal tumor induction, but promotes inflammation-driven colorectal tumor progression. Proc Natl Acad Sci USA, 115:E4061–E4070
  19. Zirkel A, Nikolic M, Sofiadis K, Mallm JP, Brackley CA, Gothe H, Drechsel O, Becker C, Altmüller J, Josipovic N, Georgomanolis T, Brant L, Franzen J, Koker M, Gusmao EG, Costa IG, Ullrich RT, Wagner W, Roukos V, Nürnberg P, Marenduzzo D, Rippe K and Papantonis A.  HMGB2 loss upon senescence entry disrupts genomic organization and induces CTCF clustering across cell types. Mol Cell, 2018, 70:730–744.e6
  20. Roukos V#, Pegoraro G, Voss TC and Misteli T# Cell cycle staging of individual cells by fluorescence microscopy. Nat Protoc, 2015, 10:334–348
  21. Roukos V#, Burgess RC and Misteli T# Generation of cell-based systems to visualize chromosome damage and translocations in living cells. Nat Protoc, 2014, 9:2476–2492
  22. Roukos V, Voss TC, Schmidt CK, Lee S, Wangsa D and Misteli T. Spatial dynamics of chromosome translocations in living cells. Science, 2013, 341:660–664
  23. Dittmer TA, Sahni N, Kubben N, Hill DE, Vidal M, Burgess RC, Roukos V and Misteli T (2014) Systematic identification of pathological Lamin A interactors. Mol Biol Cell, 25:1493–1510
  24. Piccinno R, Cipinska M and Roukos V. Studies of the DNA damage response by using the Lac operator/repressor (LacO/LacR) tethering system. Pages 263–275 in: ATM Kinase; Methods in Molecular Biology, 2017 vol. 1599 (ed. Kozlov S V), Humana Press, New York
  25. Roukos V and Mathas S The origins of ALK translocations. Front Biosci, 2015, 7:260–268
  26. Roukos V# and Misteli T#. The biogenesis of chromosome translocations. Nat Cell Biol, 16:293–300
  27. Roukos V and Misteli T. Deep Imaging: The next frontier in microscopy. Histochem Cell Biol, 2014, 142:125–131
  28. Roukos V, Burman B and Misteli T. The cellular etiology of chromosome translocations. Curr Opin Cell Biol, 2013, 25:357–364
  29. Symeonidou IE, Kotsantis P, Roukos V, Rapsomaniki MA, Grecco HE, Bastiaens P, Taraviras S and Lygerou Z. Multi-step loading of human minichromosome maintenance proteins in live human cells. J Biol Chem, 2013, 288:35852–35867
  30. Haj FG, Sabet O, Kinkhabwala A, Wimmer-Kleikamp S, Roukos V, Han HM, Grabenbauer M, Bierbaum M, Antony C, Neel BG and Bastiaens PI.  Regulation of signaling at regions of cell-cell contact by endoplasmic reticulum-bound protein-tyrosine phosphatase 1B. PLOS One, 2012, 7:e36633
  31. Stathopoulou A, Roukos V, Petropoulou C, Kotsantis P, Karantzelis N, Nishitani H, Lygerou Z and Taraviras S. Cdt1 is differentially targeted for degradation by anticancer chemotherapeutic drugs. PLOS One, 2012, 7:e34621
  32. Roukos V, Kinkhabwala A, Colombelli J, Kotsantis P, Taraviras S, Nishitani H, Stelzer E, Bastiaens P, Lygerou Z. Dynamic recruitment of licensing factor Cdt1 to sites of DNA damage. J Cell Sci 2011, 124, 422-34.
  33. Vidi P, Chandramouly G, Gray M, Wang L, Liu E, Kim JJ, Roukos V, Bissell MJ, Moghe P V and Lelievre SA. Interconnected contribution of tissue morphogenesis and the nuclear protein NuMA to the DNA damage response. J Cell Sci, 2012, 125:350–361
  34. Roukos V, Misteli T and Schmidt CK. Descriptive no more: The dawn of high-throughput microscopy. Trends Cell Biol, 2010, 20:503–506
  35. Cinquemani, E., Roukos, V., Lygerou, Z., Lygeros, J. Numerical analysis of FRAP experiments for DNA replication and repair. IEEE Conference on Decision and Control, 2008, 9-11 Dec. 0191-2216
  36. Roukos, V., Iliou, M.S., Nishitani, H., Gentzel, M., Wilm, M., Taraviras, S. and Lygerou, Z. Geminin cleavage during apoptosis by caspase-3 alters its binding ability to the SWI/SNF subunit Brahma. J Biol Chem, 2007, 282, 9346-9357, 2007
  37. Nishitani H, Sugimoto N, Roukos V, Nakanishi Y, Saijo M, Obuse C, Tsurimoto T, Nakayama KI, Nakayama K, Fujita M, Lygerou Z and Nishimoto T. Two E3 ubiquitin ligases, SCF-Skp2 and DDB1-Cul4, target human Cdt1 for proteolysis. EMBO J, 2006, 25:1126–1136

Επιλεγμένες Ομιλίες

  • Invited presentation at the kick-off meeting MILESTONE (University of Patras, Greece)
  • Invited presentation at the Μaster and PhD student meeting at the Biology Department, University of Patras
  • EMBO workshop, “DNA topology in genomic transactions”, 2021 (virtual)
  • EMBO workshop “Chromatin dynamics and nuclear organization in genome maintenance”, December 7-11, 2020
  • SPP 2202 kick-off meeting;  “The role of chromosome genome organization in chromosome fragility and the formation of leukemia driving translocations”; June 2019; Berlin, Germany 
  • Invited seminar, Karolinska Institutet; “Breaking Bad: how breaks in folded, active DNA promote oncogenic translocations in response to cancer therapy”; December 2019, Stockholm, Sweden
  • EMBO workshop, “DNA topology and Topoisomerases in Genome Dynamics”, 2019, Les Diablerets, Switzerland
  • EMBO workshop, “The Genome in Three Dimensions”, 2019, Kyllini, Greece
  • Workshop: “DNA repair, Cancer and Regeneration”, 2018, Bologna, Italy
  • ΕΜΒΟ workshop, “RNA and Genome Maintenance: Cooperation and Conflict Management", 2018, Mainz, Germany,
  • ΕΜΒΟ meeting, “Chromatin dynamics and nuclear organization of the genome”, 2018, Strasbourg, France,
  • Meeting of the “German Society for Research in DNA Repair”, 2016, Essen, Germany
  • Research Training Group, University Klinikum; “Insights into biogenesis of chromosome translocations”; 2016, Essen, Germany
  • EMBO meeting in “Nuclear function and cell fate choice”, 2016, Kyllini, Greece
  • School of Cancer Sciences; “The biogenesis of chromosome translocations”; 2015, University of Birmingham, UK
  • Chromothripsis, Clustered Mutation and Complex Chromosome Rearrangements, Spatial dynamics of chromosome translocations in living cells; 2014, Cambridge, MA, USA
  • 20th International Chromosome Conference, “Biogenesis of chromosome translocations” 2014, University of Kent, Canterbury, UK
  • Max F. Perutz Laboratories,  Spatial dynamics of chromosome translocations in living cells;2014, Vienna, Austria
  • Feinberg School of Medicine, Northwestern University, Spatial dynamics of chromosome translocations in living cells;2014, Chicago, USA
  • MRC Clinical Sciences Center, Dynamics of chromosome translocations in living cells;2014, London, UK
  • Laboratory of Genome Integrity, NCI, NIH, Spatial dynamics of chromosome translocations in living cells; 2013, Bethesda, USA
  • Cold Spring Harbor Laboratory, “Dynamic Organization of Nuclear Function”, 2012, New York, USA

Επίβλεψη Διδακτορικών Διατριβών

Ξανθόπουλος Αθανάσιος (Medical School, UPatras, 2024-…)

Gabriel Mello da Cunha Longo (IPP, IMB-JGU, Mainz, Germany, 2024)

Vera Minneker (IPP, IMB-JGU, Mainz, Germany, 2021)

Rossana Piccinno (IPP, IMB-JGU, Mainz, Germany, 2021)

Henrike Gothe (IPP, IMB-JGU, Mainz, Germany, 2020)

Marta Patrycja Cipińska (IPP, IMB-JGU, Mainz, Germany, 2020)

Άλλες Δραστηριότητες

  • Ad hoc κριτής για επιχορηγήσεις: ERC, German Research Foundation (DFG), Wellcome Trust, US-Israel Binational Science Foundation, French National Research Agency (ANR), Πανεπιστήμιο Κύπρου, ΕΛΙΔΕΚ κλπ.
  • Κριτής για περιοδικά με κριτές: Nature, Nature Cell Biology, Molecular Cell, Science Advances, Journal of Cell Biology, EMBO J, Nucleic Acids Research, Journal of Molecular Biology, Epigenetics, Current Opinion in Cell Biology κλπ.
  • Προσκλήσεις για την προβολή δημοσιευμένων μελετών σε ένα ευρύτερο επιστημονικό κοινό για περιοδικά όπως τα Nature, Nature Cell Biology και EMBO J
  • Αιτήσεις διπλωμάτων ευρεσιτεχνίας:  Μέθοδος παράλληλης, ταχείας και ευαίσθητης ανίχνευσης σπασίματος διπλών αλυσίδων DNA. Το 2022 υποβλήθηκε αίτηση ευρωπαϊκού διπλώματος ευρεσιτεχνίας κατά προτεραιότητα (EP22189451.2) και ακολούθησε αίτηση PCT το 2024 (WO 2024/033378 A1). https://patents.google.com/patent/WO2024033378A1/en
  • Συνδιοργανωτής τoυ Συνεδρίου (2021) EMBO "DNA Topology in genomic transactions".
  • Συνδιοργανωτής του Συνεδρίου IMB "Chromosome Territories and Nuclear Architecture", στο Mainz, Γερμανία
  • Fellows Award for Research Excellence, NIH
  • Ειδικό βραβείο NIH Special Service Group Award για τη νέα τεχνολογία HiTIFF
  • Βραβείο μεταδιδακτορικής υποτροφίας, Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, NIH
  • Βραχυπρόθεσμη υποτροφία από τον Ευρωπαϊκό Οργανισμό Μοριακής Βιολογίας (EMBO)
  • Βραχυπρόθεσμη υποτροφία από την Ομοσπονδία της Ευρωπαϊκής Εταιρείας Βιοχημείας  (FEBS)
  • Υποτροφία από το Ίδρυμα Κρατικών Υποτροφιών (ΙΚΥ)